Port Royal est le haut lieu de la résistance au pouvoir royal, principal foyer de la pensée janséniste en France. Louis XIV les a combattu pendant tout son long règne. En 1661, il ordonne la dispersion des Solitaires et la fermeture des Petites écoles. La « Paix de l'Eglise », en 1669, marque un répit dans la politique anti-janséniste, et l'abbaye connaît un second âge d'or, sous la puissante protection de la duchesse de Longueville, cousine du roi. Après la paix de Nimègue et la mort de sa cousine en 1669, puis de 1705 à 1713, le roi vieillissant cherche à faire disparaître les jansénistes du royaume.
Ne parvenant pas à réduire les religieuses de Port-Royal à l'obéissance, il les fait disperser en 1709 et raser leur abbaye deux ans plus tard.

La destruction du monastère donne un second souffle au mouvement janséniste, qui sera souvent l'âme de la résistance du pouvoir royal au sein des parlements.